Die Arbeit der Missionsdiözese basiert auf ihre Mitgliedsgemeinden. Sie teilen den selben lutherischen Glauben und feiern regelmäßig liturgischen Gottesdienst mit Gottes Wort und Sakramenten im Mittelpunkt. Jede Gemeinde hat ihren berufenen Pastor. Das praktische Leben der Gemeinden beruht größtenteils auf dem freiwilligen Engagement aktiver Gemeindemitglieder.
Jede Gemeinde hat einen Namen, Mitglieder und eine Gemeindeverfassung. Ein aus dem verantwortlichen Pfarrer und Laiendelegierten zusammengesetzter Gemeindevorstand leitet die praktische Gemeindearbeit. Anders als in der Evangelisch-lutherische Kirche Finnlands mit ihrer streng parochialen Gemeindezugehörigkeit ist die Mitgliedschaft in unseren Gemeinden wahlfrei und persönlich. Somit basiert sie eher auf persönliche Wahl als auf den gegebenen Wohnort. Sowohl solche, die Mitglieder der Evangelisch-lutherische Kirche Finnlands sind, als auch solche, die es nicht sind, sind Mitglieder unserer Gemeinden. Ende 2018 hatte die Missionsdiözese 34 Gemeinden mit 2099 Mitgliedern.