Suomen Luther-säätiön jumalanpalvelukset alkoivat Helsingin seudulla elokuussa vuonna 2000. Juhana Pohjola asetettiin 6.8.2000 Helsingin Vanhan kirkon seurakuntakodissa rakentamaan ensimmäistä säätiön jumalanpalvelusyhteisöä. Kolme vuotta myöhemmin seurakuntamme perustettiin sen järjestäytyessä rekisteröimättömäksi yhdistykseksi 8.8.2003. Erinäisten vaiheiden jälkeen seurakuntamme on löytänyt sunnuntaijumalanpalvelusten viettopaikan adventtikirkon tiloista (Annankatu 7, Helsinki). Viikolla kokoonnumme Luther-säätiön toimintakeskus Koinoniassa ja sen kappelissa (Kalevankatu 53, Helsinki).
Esko Murto ja Eero Pihlava toimivat seurakunnan pastoreina vuodesta 2010 alkaen. Seurakunta liittyi iloiten Suomen evankelisluterilaiseen lähetyshiippakuntaan, kun se perustettiin 16.3.2013. Markuksen seurakunnan jumalanpalvelukset laajenivat Espooseen 1.9.2013, kun viikoittaisia messuja alettiin viettää myös Espoon kristillisellä koululla. 12.1.2014 Espoon jumalanpalvelusyhteisö järjestäytyi Pyhän Tuomaksen seurakunnaksi, pastorinaan Eero Pihlava. Sittemmin jumalanpalveluspaikaksi on vakiintunut Kauniaisten metodistikirkko.
2.11.2014 Samuli Siikavirta asetettiin Helsingin Pyhän Markuksen luterilaisen seurakunnan avustavaksi pastoriksi Esko Murron jatkaessa vastaavana pastorina. Elokuusta 2015 alkaen Siikavirta toimi vs. vastaavana pastorina Esko Murron lähdettyä opettamaan pappisseminaariin Kanadaan.
Rohkaistuneina onnistuneesta seurakunnan perustamisesta Espooseen muutama kymmenen seurakuntamme jäsentä lähti vapaaehtoisesti viettämään messua Vantaalla vuoden 2015 itsenäisyyspäivänä. Vantaan Pyhän Kolminaisuuden luterilainen seurakunta järjestäytyi seurakunnaksi 31.1.2016. Sen paimeneksi kutsuttiin Markuksen messussa 16.8.2015 papiksi vihitty Jussi Halonen. Pyhän Kolminaisuuden luterilainen seurakunta kokoontui aluksi Hiekkaharjussa ja sittemmin Hakunilassa.
Marraskuussa 2016 Esko Murto kutsuttiin vakituiseen työhön Concordia Lutheran Theological Seminaryssä, St. Catharinesissa, ja 1.12.2016 Samuli Siikavirrasta tuli seurakunnan vakituinen vastaava pastori. Seurakunta kasvoi jälleen keskimäärin n. sataan messussakävijään ennen vuoden 2020 pandemiaa rajoituksineen. Vuonna 2023 lähestyttiin jo pandemiaa edeltäneitä kävijämääriä. Erityisesti kovasti lisääntynyt opiskelijoiden ja nuorten aikuisten joukko toi uusia ihmisiä seurakuntaan.
3.3.2024 noin 25 seurakuntalaista vastasi kutsuun lähteä toimintakeskus Koinoniaan aloittamaan jälleen uutta seurakuntaa, tällä kertaa Helsingin kantakaupungissa (Kalevankatu 53), vastuupastorinaan Eero Pihlava. Samana keväänä Markuksen seurakunta kutsui pastori Janne Koskelan paimenekseen Samuli Siikavirran tilalle 1.8.2024 alkaen. Siikavirta kutsuttiin apulaisprofessoriksi opettamaan joulukuusta 2024 alkaen sisarkirkkomme Missouri-synodin Fort Waynen pappisseminaarissa, Yhdysvalloissa.
Seurakuntamme voimavarana on alusta lähtien ollut seurakuntalaisten vapaaehtoinen toiminta. He vastaavat pastorin kanssa seurakunnan käytännön ja taloudellisen toiminnan edellytyksistä. Oman seurakuntamme palvelutehtävien hoitamisen ohella jäsenemme ovat tukeneet ja lähettäneet keskuudestaan pastoreita ja seurakuntalaisia rakentamaan uusia tunnustuksellisia luterilaisia seurakuntia ei ainoastaan pääkaupunkiseudulla, vaan ympäri Suomea.
Tervetuloa tutustumaan Markukseen!