Luther-säätiön messut alkoivat Jyväskylässä ensimmäisenä adventtina vuonna 2008. Tällöin toiminnasta vastasi pastori Kalle Väätäinen.
Jesaja-yhteisö perustettiin pääsiäispäivänä 24.04.2011.
Seurakunta liittyi Suomen evankelisluterilaiseen lähetyshiippakuntaan maaliskuussa 2013.
Vuonna 2014 seurakunnan nimeksi tuli Jesajan luterilainen seurakunta.
Seurakunnan paimeneksi tuli tammikuussa 2009 pastori Antti Lehrbäck. Lokakuusta 2013 seurakunnan paimenena palveli Harri Huovinen kolmen vuoden ajan.
Vuonna 2016 seurakunta kutsui ensimmäisen oman pastorin, Pekka-Tapio Hyppösen. Hän palveli seurakuntaa syksyyn 2023 saakka.
Elokuussa vuonna 2024 Elias Ikäläinen saapui Jesajan luterilaisen seurakunnan pastoriksi.