Mikaelin luterilainen seurakunta kuuluu Suomen evankelisluterilaiseen lähetyshiippakuntaan, joka Suomen Luther-säätiön nimellä aloitti messutoiminnan Helsingissä vuonna 2000. Siitä lähtien seurakuntia on vähitellen syntynyt myös muille paikkakunnille.
Vaasassa messutoiminta alkoi vuonna 2011. Messuja pidettiin aluksi noin joka toinen sunnuntai klo 17. Toiminnasta vastasi Seinäjoen pastori Markus Pöyry. Jumalanpalvelukset pidettiin aluksi Vaasan adventtikirkon tiloissa (Asemakatu 22), minkä jälkeen useamman vuoden ajan Biblionissa (Kirjastokatu 5). Ensimmäisenä adventtisunnuntaina vuonna 2013 jumalanpalvelusyhteisö järjestäytyi ja otti nimekseen Mikaelin seurakunta.
Vuonna 2016 seurakunta kutsui yhdessä Vaasan ruotsinkielisen S:t Immanuels lutherska församlingin kanssa pastorikseen Otto Granlundin. Samana vuonna seurakunnan toiminta siirrettiin Vöyrinkaupunkiin Vapaakirkon tiloihin (Laivakatu 7). Tästä lähtien messu on järjestetty pääsääntöisesti joka sunnuntai klo 9:30.
Tammikuussa 2021 tuli kuluneeksi kymmenen vuotta seurakunnan ensimmäisestä messusta. Seurakunnan ensimmäisen kymmenen vuoden eri vaiheisiin voit tutustua täällä: Mikaelin luterilainen seurakunta 10 vuotta (Lähetyshiippakunnan vuosikirja 2021).