I grunden för missionsstiftets verksamhet står dess medlemsförsamlingar. Församlingarna delar den gemensamma lutherska tron. De samlas regelbundet till gudstjänst, för att höra ordet och få del av sakramenten.
Varje församling har en egen herde, som församlingen kallat. Den praktiska verksamheten upprätthålls i hög grad av lekmännens frivilligarbete.
Församlingarna är organiserade som föreningar. De har namn, medlemmar och stadgar. Till sin struktur är de personförsamlingar, vilket innebär att medlemskapet inte baserar sig på vilken geografisk ort man bor på, utan på medlemmarnas eget val.
Församlingsmedlem kan man vara oberoende av om man är medlem i Evangelisk-lutherska kyrkan i Finland eller inte.
Församlingar har uppstått på olika håll i Finland. Stiftet är en öppen struktur, där nya församlingar kan bli medlemmar.
Jakobstad: Sankt Jakobs församling