S:t Immanuels lutherska församling är medlem i Evangelisk-lutherska missionsstiftet i Finland, vars gudstjänstverksamhet började i Finska Lutherstiftelsens regi i Helsingfors år 2000. Därefter har församlingar så småningom bildats också på andra håll i landet.
Missionsstiftets finskspråkiga församling i Vasa började fira gudstjänster år 2011. Svenska högmässor började ordnas något senare, år 2014. Församlingen samlades först i Biblion (Biblioteksgatan 5) och betjänades av pastorn för S:t Jakobs församling i Jakobstad, Patrik Saviaro. Inledningsvis samlades församlingen till gudstjänst ungefär varannan söndag kl. 15.
Församlingen organiserade sig år 2016 och tog då namnet Sankt Immanuels lutherska församling. I samband med det konstituerande mötet kallade församlingen tillsammans med finska Mikaelin seurakunta Otto Granlund till pastor för församlingarna i Vasa. Samma år flyttade församlingen också in i Vapaakirkkos utrymmen i Vöråstan, Skeppsgatan 7. Snart därpå började högmässa firas i regel varje söndag kl. 12.